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4、其他相关费用的归集与限额计算
研发费用的归集范围除其他相关费用外仅限于《通知》列举的项目，考虑到其他相关费用名目不一，不能穷尽列举，因此《通知》参照高新技术企业研发费用的相关规定，明确与研发活动直接相关的其它相关费用，不得超过可加计扣除研发费用总额的10%。公告进一步明确了该限额的计算：应按项目分别计算，每个项目可加计扣除的其他相关费用都不得超过该项目可加计扣除研发费用总额的10%。按照《通知》规定，假设某一研发项目的其他相关费用的限额为X，《通知》第一条允许加计扣除的研发费用中的第1项至第5项费用之和为Y，那么X =（X+Y）×10%，即X=Y×10%/(1-10%)。
例：某企业2016年进行了二项研发活动A和B，A项目共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用12万元，B共发生研发费用100万元，其中与研发活动直接相关的其他费用8万元，假设研发活动均符合加计扣除相关规定。A项目其他相关费用限额=（100-12）×10%/(1-10%)=9.78，小于实际发生数12万元，则A项目允许加计扣除的研发费用应为97.78万元（100-12+9.78=97.78）。B项目其他相关费用限额=（100-8）×10%/(1-10%)=10.22，大于实际发生数8万元，则B项目允许加计扣除的研发费用应为100万元。
该企业2016年可以享受的研发费用加计扣除额为98.89万元[（97.78+100）×50%=98.89]。

5、特殊收入应扣减可加计扣除的研发费用问题
企业开展研发活动中实际发生的研发费用可按规定享受加计扣除政策，实务中常有已归集计入研发费用、但在当期取得的研发过程中形成的下脚料、残次品、中间试制品等特殊收入，此类收入均为与研发活动直接相关的收入，应冲减对应的可加计扣除的研发费用。为简便操作，公告明确，此类收入应冲减当期可加计扣除的研发费用，不足冲减的，允许加计扣除的研发费用按零计算。
生产单机、单品的企业，研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售，产品所耗用的料、工、费全部计入研发费用加计扣除不符合政策鼓励本意。考虑到材料费用占比较大且易于计量，为强化政策导向，公告明确，研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。

6、财政性资金用于研发形成的研发费支出不得加计扣除
《企业所得税法实施条例》规定，企业的不征税收入用于支出所形成的费用或者资产，不得扣除或者计算对应的折旧、摊销扣除。据此，《公告》明确，企业取得作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，不得计算加计扣除。未作为不征税收入处理的财政性资金用于研发活动所形成的费用或无形资产，可按规定计算加计扣除。

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